La seconde saison (en cours, appelée Naruto Shippuden) se recentre autour de Naruto, 2 ans et demi plus tard. L'Akatsuki, se réveille et commmence à rechercher tous les Jinchuriki (porteur de démon aussi appelé réceptacle) pour leur retirer leur biju (démon) et, à l'aide d'un jutsu, les sceller dans une énorme statue. Il existe neuf différents biju, classés du plus puissant au moins puissant en fonction du nombre de queues qu'ils possèdent. Ainsi Naruto possède le démon le plus puissant en lui car Kyubi possède neuf queues. Le premier duo de l'Akatsuki fait son apparition: Deidara, manipulateur d'argile explosive, et Sasori, maître-marionnettiste. Ils capturent Gaara et lui extraient son biju, le laissant quasi-mort. Sasori se fait tuer par Sakura (devenue élève de Tsunade) et Chiyo, sa propre grand mère. Gaara est finalement sauvé au prix de la vie de Chiyo. Le débonnaire Tobi remplace Sasori au sein de l'Akatsuki. On apprend que Kabuto fut un temps espion de l'Akatsuki auprès d'Orochimaru, manipulé par Sasori. Naruto attaque alors Orochimaru et se transforme partiellement en démon-renard. Il a alors quatre queues et perd tout controle de lui-même. Quant à Sai, nouveau membre affecté dans l'équipe dirigée par Kakashi, sa mission était en fait de tuer Sasuke mais le jeune ninja finit par renoncer à ses desseins. Un Sasuke plus adulte et très puissant grâce à l'enseignement d'Orochimaru apparait. Suite à l'affrontement contre son ami, Naruto subit un entrainement sévère. Un nouveau duo d'Akatsuki fait sont apparition : Kakuzu et Hidan. Ces deux combattants seront finalement vaincus par Naruto et Shikamaru, ce dernier ayant à déplorer la perte de son sensei. De son coté, Sasuke tue Orochimaru ( dont l'ame seras enfermé dans le corp de kabuto ) et constitue une équipe appelée Hebi (serpent). Poursuivi par les membres de l'Akatsuki, Sasuke se bat contre Deidera. Deidara se fait exploser mais Sasuke utilise un jutsu afin de se transporter dans Mamba,le serpent géant d'Orochimaru, et survit ainsi à l'affrontement. Un nouveau duo apparaît : Pein le chef d'Akatsuki et une étrange femme. Mais encore plus intéressant on apprend que c'est Tobi qui dirige réellement l'Akatsuki, et qu'il posséde le pouvoir de madara uchiwa.